فیلم کراکن: هیولای اعماق، داستان یک زیست‌شناس دریایی است که در پی ناآرامی‌های منطقه و قتل دو نوجوان، به زادگاهش برمی‌گردد و در حین تحقیق متوجه حضور موجودی افسانه‌ای و غول‌آسا در اعماق آب می‌شود.