داستان سریال ناروتو شیپودن در واقع ادامه سری کلاسیک نارتو بوده. حالا ناروتو و دوستانش بزرگتر شده اند و باید با مشکلاتی به همان اندازه بزرگتر دست و پنجه نرم کنند...